Cục Thuế chính thức tháo gỡ vướng mắc về vấn đề khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với thanh toán trả chậm, trả góp hàng hóa, dịch vụ có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên.
Ngày 25.11, Cục Thuế (Bộ Tài chính) có công văn trả lời Thuế tỉnh Bắc Ninh và Thuế tỉnh Khánh Hòa, làm rõ cách giải quyết vướng mắc mà nhiều doanh nghiệp gặp phải thời gian qua liên quan khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Cục Thuế cho biết, đối với thanh toán trả chậm, trả góp hàng hóa, dịch vụ có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, trường hợp đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng.
Sau khi đã kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ, doanh nghiệp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì vẫn được thực hiện kê khai khấu trừ.
Trường hợp sau khi đã kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ, doanh nghiệp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì doanh nghiệp thực hiện kê khai khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định.
Cơ sở pháp lý được Cục Thuế viện dẫn để đưa ra hướng dẫn như trên là khoản 2 điều 14 luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH13; điều 25 và điều 26 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP.
Trước đó, khá nhiều doanh nghiệp gửi kiến nghị tới cơ quan thuế các địa phương phản ánh vướng mắc về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Các doanh nghiệp đều gặp vấn đề chung là đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, đến thời điểm thanh toán tiền mua hàng hóa, dịch vụ theo hợp đồng, doanh nghiệp vẫn không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nên không đủ điều kiện được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Doanh nghiệp đã tiến hành kê khai điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng.
Vấn đề phát sinh, sau thời hạn thanh toán ghi trong hợp đồng, dù doanh nghiệp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, cơ quan thuế địa phương vẫn trả lời, doanh nghiệp không được kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Kiến nghị tiếp tục đơn giản hóa thủ tục về thuế
Trao đổi với phóng viên, ông Nguyễn Văn Thức, Chủ tịch Công ty TNHH tư vấn thuế BCTC, phân tích theo hướng dẫn ngày 25.11 của Cục Thuế, trường hợp doanh nghiệp khi kê khai bổ sung đã loại trừ khoản thuế đầu vào do chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, nhưng sau đó bổ sung đầy đủ chứng từ thanh toán đúng quy định thì khoản thuế này vẫn được khấu trừ.
Điều này giúp các doanh nghiệp "trút gánh nặng" khi đã có hướng tháo gỡ hợp lý cho các vướng mắc trước đó.
Tuy nhiên, để hỗ trợ doanh nghiệp, đơn giản hóa thủ tục thuế, ông Thức kiến nghị nên sửa đổi, điều chỉnh theo hướng không bắt buộc phải kê khai bổ sung loại ra ngay khi tới hạn thanh toán nhưng chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Khi cơ quan thuế thanh kiểm tra, nếu doanh nghiệp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì mặc nhiên được khấu trừ; trường hợp không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì mới phải loại trừ.
Chuyên gia thuế Nguyễn Ngọc Tú (Trường đại học Kinh doanh và Công nghệ Hà Nội) nhìn nhận, việc thanh toán chậm theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng rất phổ biến. Chính sách thuế và các chính sách khác phải tạo điều kiện cho doanh nghiệp. Miễn là đúng bản chất vấn đề, doanh nghiệp không sử dụng chứng từ giả, không dùng tiểu xảo để khiến ngân sách thất thu.
Không chỉ trường hợp khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào này mà với các vấn đề khác, trường hợp khác, ông Tú nhấn mạnh: "Khi có vướng mắc phát sinh trong thực tiễn, nếu cảm thấy chưa rõ ràng, cơ quan thuế địa phương cần báo cáo Cục Thuế, Cục Thuế tổng hợp để báo cáo Bộ Tài chính có hướng giải quyết kịp thời, phù hợp".